Une centaine de salles abritent les peintures, objets d'art et autres décors. De nouvelles salles ont été pensées au rez-de-chaussée. La totalité des œuvres a bénéficié d'une campagne de restauration pour retrouver leur éclat. "On attaque la visite par le sous-sol, là où nous avons choisi de placer la période néolithique", explique François Chatillon. L'agence a gagné l'appel d'offres en 2015 et a choisi de décaisser le sous-sol, qui était jugé trop bas. Certaines banquettes ont été utilisées pour la scénographie et un plafond de voûtes a été conservé. "L'enjeu était de ne pas faire de technique au plafond, on l'a donc passée par les caniveaux, qui permettent de chauffer, ventiler et rafraîchir les pièces." Une pirogue période néolithique retrouvée au bord de la Seine a également nécessité l'acquisition d'une vitrine pour l'exposer, équipée d'un système de microclimat sur-mesure afin de maîtriser la température et l'hydrométrie. Cela a "coûté extrêmement cher", précise l'architecte en chef. "Il a fallu l'amener au sous-sol en un seul morceau, ce qui a requis de nombreuses réunions pour décider de comment l'apporter."